양파 연구 이야기 - 발견

약 500개의 배지.
섭씨 28도를 유지하는 인큐베이터에서.
양파에서 분리된 곰팡이들은 잘 자랐다.
잘라낸 양파 조각에서 자라나지 않은 곰팡이,
혹은 두 종의 곰팡이가 자라나기도 했고,
세균이 잔뜩 자라나는 조각이 있기도 했다.

엉망진창이었다.

그래도 어떡하겠는가.
자라난 곰팡이는 Lactic acid가 첨가되지 않은 PDA에 하나하나씩 옮겼고, 각 곰팡이는 식별번호를 부여받았다. 같은 조각에서 자라난 같은 곰팡이는 같은 번호를 부여받았으며, 다른 곰팡이는 다른 번호를 부여받았다.
이를 통해 얻어진 최종 곰팡이의 개수는 250여개.
이 250여개의 곰팡이는 각기 다양한 모양으로 자라났고 이 또한...

엉망진창이었다.

이 250여개의 곰팡이들은 같은 모양이로 자라는 것끼리 모았다.
크게 다섯가지로 나뉘어 졌는데
검은색 곰팡이
보라색 곰팡이
회색 곰팡이
초록색 곰팡이
아무색 곰팡이

그래도 자꾸보면 예쁜 곰팡이들이었다.

 

이렇게 나누어졌다.  이렇게 나누어진 곰팡이는 이 곰팡이가 진짜로 양파에 병을 일으키는지 알아보기 위해서 상처를 낸 양파에 접종하여 병원성이 있는 곰팡이만 따로 골라내었다.
이렇게 찾아낸 양파에 병을 일으키는 곰팡이는 대표적인 것을 몇 개씩 뽑아서 어떤 곰팡이인지 *DNA분석을 통해서 확인하였다. 여기까지의 모든 과정은 실험의 *재현성을 위해서 3반복되었다. 즉. 썩은 양파 40kg이상을 더...

이런 젠장!!!

*DNA분석은 DNA증폭을 통해서 Sequence를 알아내 이 Sequence를 비교하여 확인한다.
곰팡이에서 종과 속을 알아내기 위해서 증폭하는 DNA는 ITS, Beta-tubulin 그리고 Carmodulin sequence를 이용한다. Type Strain 의 Sequence를 기준으로 각 곰팡이의 유전자 sequence를 비교하게 되는데, 2%정도 차이가 나면 다른 속이라고 말한다.
*재현성은 지금까지 우리가 한 것이 과학이 되도록 만드는 최소한의 약속이라고 할 수 있다. 서울에서 된 것은 파리에서도 되고 도쿄에서도 되고 뉴욕에서도 되야 한다. 이것이 되는 것을 증명하기 위해서는 적어도 3번은 비슷한 결과를 얻어야 한다는 것이다. 재현이 되지 않는 것은 우연에 불과하고 우연은 과학이 될 수 없다. 과학은 필요할 때 꺼내서 다시 쓸 수 있는 지식이어야 하니까.

검은색 곰팡이 - Aspergillus sp.
보라색 곰팡이 - Fusarium sp.
회색 곰팡이 - Rhizopus sp.
초록색 곰팡이 - Penicillium sp.
아무색 곰팡이 - Unknown

(블로그에서는 종 까지만 나타내도록 하겠다.)

로 확인되었고. 이중 양파에서 가장 많이 발견된 곰팡이는 Aspergillus 였다. 그래 봐야 30% 언저리였고, 의미있는 방제를 원한다면 Fusarium까지 포함한 억제 물질을 찾아야 했다.

무찌르자!

그리고 우리는
지금까지 전 세계적으로 아직 보고되지 않았던 양파에 병일으키는 곰팡이도 몇 종 찾아낼 수 있었다.