양파 연구 이야기 - 이 곰팡이는 어떤 놈일까?-2

양파에서 곰팡이를 분리하고, 분리하면서 번호를 부여하고,

2-3일간 키우면서 오염되지 않고 분리되었는지 확인한 뒤, 오염된 놈들은 제거, 혹은 재분리하고.(이러면서 번호 재부여)

완전히 분리가 끝나면

생긴대로 모아서 제일 잘 나온 애들 몇을 추렸다.

그 추려진 곰팡이에서 gDNA를 추출하고,

 ITS, beta-tublulin, carmodulin 의 primer를 제작하여

PCR을 수행했고, 깨끗하게 뜬 밴드를 젤에서 잘라내어 업체에 시퀀싱을 보낸다.

 

그리하여 받게 된 시퀀스 결과.

이 결과는 다른 이미 보고된 다른 곰팡이들과 비교분석을 해야 한다.

일단 가장 일반적으로 많이 수행하는 ITS부터 해 보자.

 

원랜... 이런 애였다.

오늘 우리가 볼 녀석은

G-O-23-1

이놈이다.

가락시장 양파에서 23번째로 분리된 첫번째 곰팡이란 뜻이다.

이런 젠장...

 

이 작업을 하기 위해 NCBI에 들어가 검색을 해 본다.

우선 가지고 있는 500bp정도의 시퀀스를 NCBI의 Blast 툴을 이용하여 대강의 정보를 확인해본다.

 

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome

이 사이트에 들어가면

본능적으로 누르고 싶은 버튼이 무려 4개나 있다.

Nucleotide BLAST

blastx

tblastn

protein BLAST

 

아.. 신이시여 나에게 왜 이런 시련을... 이라고 하지 말고. 아래 설명을 읽어보자.

우리는 DNA정보를 DNA정보와 비교하려는 것이다.   

그러므로 Nucleotide와 Nucleotide를비교하려는것이지.

우리는

우리는 여기로 간다.

위 모든 버튼은 아주 간단하다. 위에 나온 순서대로.

뉴클레오티드 서열끼리 비교하는 것

뉴클레오티드를 단백질로 변환

단백질을 뉴클레오티드로 변환

단백질 서열을 단백질끼리 비교

 

별거 아니다 쫄지 말자.

이렇게 환상적인 화면이 우리를 반긴다.

건드릴거 하나 없다.

Fasta sequence 를 집어넣자.

 

이렇게 넣어보자. FASTA 시퀀스가 별게 아니고 업체에서 준 시퀀스코드 전체를 말한다.

그리고 눌러보자

 

브을라스트!!!

좀 기다리라는 소리가 나온다.

침착하게 기다려주자. 두근두근두근!!

엄청 두근거리네...

이런 결과가 나온다.

아래 보면 MAX score, total score 등이 나오는데 다 일치한다는 소리다. 일치하는 순서대로 보여주므로 이렇게 나온다.

우리 결과는 빼도박도못하게

Aspergillus niger 임을 알 수 있다. (학명은 이텔릭체로!)

 

그럼 이걸 어떻게 보여준다는거냐? 논문에 쓸 수 있는 그림으로 만들어야 할 거 아냐!!!

이제 그걸 다음시간부터 해 보자.

일단 이 곰팡이가 

 

Aspergillus niger

인 것은 확인했다.

 

우리의 곰팡이의 풀 이름은

Aspergillus niger GO23-1이 되었다.